主要专业课程：化学、生物化学、微生物学、机械设计基础、生物分离技术、生物工程设备、酶工程、发酵工程、酿造工艺、基因工程、分子生物学等。
就业方向：本专业学生毕业后可在生物医药、生物化工、生物工程、食品生物技术、食品酿造、食品轻工、药检、海关、能源、环保等企事业单位、科研机构从事生物工程相关产品开发、工艺及设备的研究、监督管理及市场营销工作，亦可在相关院校和研究部门从事教学、科研等工作。
本专业按理科类招生。
毕业生符合条件者授予工学学士学位。
附：自2004年开始，我校食品科学与工程学院与加拿大马【南京学院本科学校】尼托巴大学农业食品与工程学院签订了2+2联合培养本科生项目。
应用化学、食品科学与工程、食品质量与安全、粮食工程、生物工程专业学生在我校修完前两年规定学分，平均学分绩点达到2.5以上，通过英语四级考试，即可申请该联合培养项目，申请成功后，在大二结束后的暑假即赴加拿大完成后两年学业，修完加方后两年规定学分后，可同时获【南京的本科学校有哪些】得由马尼托巴大学和我校分别颁发的毕业证书及学位证书，毕业证和学位证与马尼托巴大学四年制在校学生无异。
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